来源：IBD Daily

炎症性肠病 (IBD) 是一组病因未明、具有显著异质性的慢性炎症性疾病，主要包括克罗恩病 (CD) 和溃疡性结肠炎 (UC)，两者在受累部位和病理特征上存在差异，但均表现为慢性、复发性肠道炎症。近几十年来，IBD的流行病学格局发生了显著变化，呈现出典型的“四阶段”演变特征：在非洲、亚洲和拉丁美洲等新近工业化地区，发病率迅速上升；而在北美、欧洲和大洋洲等早期工业化地区，患病率仍在持续增加。

大量研究表明，IBD的发生是遗传、免疫与环境因素相互作用的结果，而肠道微生物组作为宿主与环境之间的重要桥梁，在其中占据核心地位。过去二十余年中，随着非培养依赖性技术和多组学方法的发展，肠道微生物组研究迅速推进。越来越多的证据表明，肠道微生物组并非IBD的单纯“伴随现象”，而是直接参与炎症发生和维持的关键因素。遗传易感性、免疫反应异常与微生物组失衡之间的相互作用，共同塑造了疾病表型。这一认识不仅推动了微生物组作为生物标志物的研究，也催生了以饮食调控、粪菌移植和活体生物治疗产品为代表的微生物组干预策略。

在该综述中，作者系统梳理了IBD微生物组研究从组成描述到功能解析、从基础研究到临床转化的发展脉络，重点讨论微生物组在疾病诊断、风险评估和治疗中的应用潜力，并分析当前面临的主要挑战与未来发展方向。

正常肠道微生物组由数量庞大且高度多样的微生物群落构成，其组成和功能受外部环境塑造。大量研究表明，饮食结构、生活方式以及药物使用、心理压力和吸烟等健康相关行为，可通过改变微生物群落结构和功能参与疾病的发生与演变。

既往研究主要聚焦于肠道微生物组成的变化，但越来越多的证据表明，仅从物种组成层面描述菌群失衡难以充分解释疾病机制，更重要的是关键代谢功能的系统性重塑。在此背景下，研究范式逐渐从“微生物组成改变”转向“微生物功能失衡”。肠道微生物通过产生多种代谢物和信号分子，深度参与宿主免疫调控和黏膜屏障稳态的维持。在IBD患者中，具有免疫调节作用的代谢产物普遍减少，而部分代谢通路异常激活，从而推动炎症反应持续存在。这些微生物来源的代谢物和蛋白不仅在局部肠道微环境中发挥作用，还可进入循环系统，产生远程效应，解释了部分肠外并发症的发生机制。此外，功能层面的改变也体现在微生物与宿主组织相互作用方式的转变。一些疾病相关菌株通过增强黏附、侵袭或毒素产生能力，破坏肠上皮屏障并放大炎症反应。总体而言，IBD中的肠道微生物异常不应仅被视为菌群组成失衡，而是一种以代谢功能、信号传递和宿主互作为核心的系统性紊乱。

要将微生物组领域的研究发现转化为临床应用，首先需要明确IBD中的菌群失衡究竟是疾病的原因还是结果。研究表明，肠腔内粪便内容物的暴露对于肠道炎症的建立至关重要。通过将粪便分流、使其不再接触近端肠段，可使炎症得到缓解，而在再次暴露于粪便内容物后，炎症则会复发。此外，将IBD患者的肠道微生物群移植至小鼠体内可诱导炎症反应，提示IBD相关微生物群本身便具有促炎作用。

此外，在携带与宿主-微生物相互作用相关功能基因多态性的IBD患者中，同样可观察到肠道微生物组的改变，这提示某些遗传变异所带来的疾病风险，可能是通过微生物组介导的。例如：IBD易感基因ATG16L1和NOD2参与调控脆弱拟杆菌的免疫调节特性，而该菌对肠道炎症发挥保护作用。CARD9通过重塑肠道微生物群的组成与代谢功能，增强色氨酸衍生代谢物的生成能力，特别是芳烃受体激动剂的产生，而这些代谢物在小鼠及人类研究中均被证实具有抗肠道炎症作用。

需要指出的是，目前多数研究主要基于粪便样本进行分析，尽管其获取方便，但并不能充分反映肠道不同解剖部位的区域性微生物特征。有观点认为，黏膜相关微生物群在IBD中可能具有同等甚至更为重要的作用。无论粪便微生物组或黏膜微生物组之间存在何种差异，识别具有明确生物学意义、能够稳定、可重复反映疾病状态的关键物种或菌株，对于其作为IBD疾病活动度或病程监测的替代指标和标志物至关重要。

除细菌外，病毒、噬菌体和真菌等其他微生物，为理解IBD中的宿主–微生物相互作用提供了新的维度。噬菌体在数量上显著高于细菌，其通过调控细菌群落结构和功能，参与肠道微生态稳态的维持。此外，病毒组失衡逐渐被认为是IBD的重要特征之一。UC患者的黏膜病毒组表现出噬菌体富集及病毒–细菌互作网络紊乱，提示病毒组变化可能通过影响细菌功能而间接参与疾病发生。与此同时，真菌群落在IBD中的作用也逐步受到关注，肠道真菌可通过影响免疫稳态和上皮屏障完整性，参与炎症反应的启动和维持，部分真菌在特定遗传背景下可放大炎症信号。

总体而言，除细菌外的多界微生物群落在IBD中可能发挥调节性作用，但相关证据目前仍以临床前和机制研究为主。如何将病毒组和真菌组等的研究成果转化为可靠的生物标志物或治疗靶点，仍有赖于更系统的人群研究和临床验证。

过去二十余年中，IBD相关生物标志物的研究经历了从血清学和遗传学探索向分子特征分析演进的过程。早期研究主要聚焦于针对微生物抗原的血清学抗体，这类标志物曾被用于区分IBD亚型并评估疾病风险。例如，核周型抗中性粒细胞胞质抗体和抗酿酒酵母抗体在UC和CD中分别呈现一定特异性模式。然而，这些抗体在敏感性和特异性方面均存在明显不足，且可出现在其他炎症或自身免疫性疾病中，难以作为可靠的常规诊断或疾病进展预测工具。

随着遗传学研究的发展，多条参与IBD发病的分子通路被发现，涉及宿主对微生物的感知、肠道屏障功能及免疫信号调控等。值得注意的是，部分遗传变异并非直接致病，而是通过影响肠道微生物组的组成和功能，间接调控宿主免疫反应。例如，NOD2、ATG16L1等易感基因被证实与宿主—微生物互作密切相关，其效应需依赖特定微生物或环境背景才能显现。

尽管基因组学和分子特征分析不断取得进展，真正实现临床转化的生物标志物仍然有限。现阶段较为成功的例子是HLA-DQA1*05等位基因在预测抗TNF治疗免疫原性风险中的应用潜力，该标志物可用于识别更可能从联合免疫调节治疗中获益的患者。总体而言，IBD生物标志物的研究正从传统血清学和遗传学指标，迈向整合宿主与微生物信息的分子特征分析阶段。未来标志物的成功开发，需以明确的临床问题为导向，并通过严格设计的前瞻性和随机对照研究验证其稳定性和实用性，方能真正服务于精准诊疗。

在微生物组研究领域，临床前研究工具在阐明肠道微生物组在IBD发病机制中的作用方面发挥着关键作用。无菌小鼠被认为是微生物组研究的“金标准”模型。近期一项研究发现，将来源于CD患者的失衡微生物群移植至无菌小鼠体内，可自发性诱导结肠炎症性改变。除单菌模型外，其他与IBD相关的炎症模型，如化学诱导模型和基因工程模型，也被广泛应用于微生物组研究中。在过去十年中，肠道微生物组特征向生物标志物转化的过程经历了持续的优化和演进，主要得益于检测技术的提升、菌株水平分析的引入、实验方法的精细化、专用动物模型的开发以及人工智能驱动的高级生物信息学分析手段。尽管如此，能够在不同队列中稳定重复的微生物组生物标志物仍然难以鉴定。

图1 微生物组生物标志物开发的当前进展。

本图概述了IBD研究中微生物组生物标志物识别路径及基于标志物的研究队列构建策略的演进过程。在生物标志物识别层面，研究范围逐步拓展，从单一物种分析发展为多物种整合，并进一步结合多组学数据进行联合分析；分析深度不断提升，由物种水平深入至菌株水平，实现更精细的功能与机制解析。在研究队列构建方面，研究设计日益强调时空维度的延展性，由单一时间点的横断面研究发展为纵向随访研究，以揭示动态变化过程；同时，人群覆盖范围持续扩大，由单中心队列扩展至多中心、多地区及跨人群研究，以提高研究结果的外推性与稳健性。

目前尚不存在可作为IBD诊断“金标准”的单一细菌生物标志物，但多项研究证明，部分肠道细菌在疾病分型和风险评估中具有一定应用潜力。其中，Faecalibacterium prausnitzii是IBD中最具代表性的候选菌之一，其在CD患者中常显著减少，并在多项研究中显示出较好的诊断性能。大肠杆菌同样被认为与IBD的发生和进展密切相关，可用于区分不同疾病亚型，将Faecalibacterium prausnitzii与大肠杆菌等指标联合分析，可提高对IBD亚型的区分能力。

尽管单一细菌标志物在初步筛查中具有一定价值，但其诊断准确性和特异性仍然有限。相比之下，一项研究鉴定了由多个细菌构成的标志物组合，能够在较高敏感性和特异性的水平下区分IBD与多种非炎症性肠道疾病及健康对照，凸显了多物种策略在复杂疾病鉴别中的优势。随着研究的深入，生物标志物开发进一步从多物种组合迈向多组学整合。近期一项研究通过联合分析细菌物种、功能基因及代谢物特征，在不同国家队列中均获得了优异的诊断性能。

总体而言，IBD生物标志物的研究正在经历从单一菌种、单一层面分析向多物种、多组学综合策略的转变。这一转型不仅提高了疾病诊断和分型的准确性，也为患者分层和个体化管理提供了更加稳健的生物学基础，标志着微生物组标志物研究从还原论走向系统整合的重要进展。

尽管基于细菌物种水平的研究已在IBD的诊断和预后评估中显示出一定价值，但菌株水平分析更能捕捉与疾病发生和进展直接相关的功能差异。以大肠杆菌为例，在健康个体中，其多作为无害的肠道共生菌存在；而在IBD患者中，具有致病特性的黏附侵袭性大肠杆菌菌株往往显著富集。这类菌株具备侵入上皮细胞并在免疫细胞内存活和复制的能力，从而直接参与炎症反应的维持，表明疾病相关性并非由物种本身决定，而取决于特定菌株的功能特征。大规模人群研究进一步表明，与健康相关的菌株相比，疾病相关菌株在肠道生态位竞争中更具优势；同时，部分健康相关菌株的缺失可预测炎症标志物水平升高，凸显了菌株水平与疾病活动度之间的紧密联系。总体而言，现有研究一致表明，细菌菌株比物种水平更接近IBD的致病机制，也更有可能发展为稳定、可重复的疾病生物标志物。

随着微生物组研究的不断深入，IBD生物标志物的开发已逐步从单中心、小样本探索，转向跨人群、多队列的大规模整合分析。多项研究表明，基于宏基因组数据构建的微生物特征在不同地理与文化背景人群中仍可保持较好的诊断性能。例如，整合多个独立队列的数据分析发现，部分来源于拟杆菌属的功能性基因特征在CD诊断中的表现优于传统物种水平指标，并在不同人群中展现出相对稳定的预测能力。

然而，纵向及跨地区研究也揭示了微生物组临床转化过程中面临的现实挑战。有研究指出，地理环境与生活方式对微生物组结构的影响程度甚至超过疾病本身；同时，受技术平台差异和方法学限制影响，大量微生物组成变异仍难以得到充分解释，在一定程度上限制了生物标志物的可重复性与泛化能力。

尽管如此，近期的大规模全球宏基因组研究通过纳入多地区样本，成功筛选出在不同人群中均具有稳定表现的多物种生物标志物，在区分IBD患者与健康对照方面展现出优异的诊断性能，并且这些候选标志物已被转化为基于多重液滴数字PCR的检测方法，并进入多国临床试验阶段，初步勾勒出从机制发现到临床应用的可行转化路径。

总体而言，多人群研究是验证微生物组生物标志物稳定性和可重复性的关键前提。未来的发展方向在于，将复杂的宏基因组信息转化为简便、经济且可标准化的检测工具。

微生物组研究的第二阶段不再局限于横断面比较，而是转向纵向动态特征的追踪，以评估微生物组在预测IBD复发、病程进展及治疗反应中的潜在价值。这一研究范式的转变，使微生物组不再仅作为疾病状态的“静态标志”，而是成为可能反映疾病演变过程的动态指标。

已有研究表明，在特定临床情境下，纵向微生物组特征优于传统临床指标。例如，在CD术后人群中，部分黏膜相关微生物特征在预测疾病复发方面显示出一定优势。同时，针对药物疗效的研究发现，具有较高微生物多样性或富含特定共生菌，往往与更好的生物制剂应答相关。

然而，现有纵向研究结果仍存在明显异质性。一方面，不同研究在采样时间、分析方法和临床终点定义上差异较大，限制了结果的可比性；另一方面，微生物组变化与疾病活动度或治疗耐药之间的关系，多数仍停留在相关性层面，尚难以形成稳定、可外推的预测模型。因此，采用统一研究方案、覆盖不同人群的多中心纵向队列，是推动这些发现进入临床应用的关键前提。

尽管肠道微生物组可在一定程度上预测免疫治疗反应，但相关特征往往具有治疗方案依赖性，难以在不同药物之间直接通用。在IBD中开发基于微生物组的预测工具时，必须充分考虑不同治疗靶点、药物机制及临床背景。

截至2025年8月，已有超过2700篇研究聚焦于通过粪菌移植 (FMT)、细菌联合制剂或噬菌体等方式调节肠道微生物群，以治疗UC或CD。相比之下，在此前十年间相关研究仅约130篇。这一显著增长表明，该研究领域不仅处于快速发展阶段，而且在科学证据的深度与研究质量方面均取得了实质性提升。这种加速发展部分得益于产业界、医疗界以及患者群体的高度关注与推动。

本节将围绕以下几个方面展开讨论：微生物组调节在IBD中的循证基础；临床实施过程中面临的关键挑战；新一代活体生物治疗产品的潜在前景。近年来，多项研究提出，应将微生物组视为精准医学的重要组成部分。其理论基础在于：肠道微生物群在多种人类疾病中参与个体间差异的形成，并有望成为一种针对个体特征进行定制的、安全且有效的治疗策略。然而，就IBD而言，该领域仍相对年轻。目前尚未就“最佳微生物干预策略为何”以及“未来如何设计个体化微生物组精准医学临床试验”形成广泛共识。因此，在机制研究、标准化流程建立以及精准分层策略构建等方面，仍需进一步探索与验证。

图2 微生物导向干预措施的现状与未来方向。

本图对比了当前IBD微生物干预策略的临床疗效现状与未来发展趋势。在当前阶段，部分微生物干预措施已进入临床实践，但整体疗效仍有限且存在显著个体差异。FMT的总体疗效仍然有限；益生元与益生菌在不同研究与人群中的疗效表现不稳定，结果存在明显异质性。未来研究方向正逐步转向更加精准、机制驱动的干预模式，包括：(1) 精准化 FMT：基于供受者匹配及菌群特征分层以提高治疗响应率；(2) 活体生物治疗制剂 (LBPs)：包括基因工程改造益生菌及功能明确的定制化微生物联合制剂；(3) 宏基因组测序驱动的失衡图谱构建：通过高深度测序技术精准刻画个体菌群失调状态；(4) 多组学整合预测模型：结合宏基因组学、转录组学与代谢组学等数据，实现治疗响应预测与患者分层管理；(5) 整合式微生物调控策略：将微生物干预与宿主分子特征相结合，提升个体化治疗效果。

在基于微生物组的干预策略中，饮食调控是目前循证基础最为扎实、临床应用最为成熟的手段之一。自20世纪70年代以来，专性肠内营养 (exclusive enteral nutrition，EEN) 被广泛用于儿童CD治疗，并在多项研究中显示出较高的缓解率。现有证据提示，EEN的疗效主要与肠道微生物组功能性重塑相关，而非单纯恢复微生物组成。由于成人患者对EEN的长期依从性较差，近年来发展出多种饮食方案，用于调控微生物组失衡，包括抗炎饮食、CD-TREAT及克罗恩病排除饮食等。这些方案在小规模研究中显示出一定潜力，但其循证强度受限于研究设计和样本量，其作用仍有待评估。同时，流行病学与实验研究一致表明，超加工食品及高脂、高糖的西方饮食模式与IBD风险升高相关，食品添加剂，尤其是乳化剂，可通过破坏肠道屏障和微生态稳态促进炎症反应。一项随机研究显示，低乳化剂饮食在轻中度活动期CD患者中具有良好的安全性，并可改善临床症状和炎症指标。基于现有证据，国际和北美指南已建议减少加工食品、糖类及乳化剂的摄入，并鼓励采用富含膳食纤维的全食物饮食，但其对微生物组和炎症状态的长期影响仍有待进一步验证。

与饮食干预相比，益生菌在IBD中的疗效证据尚未形成一致结论。现有研究显示，部分益生菌制剂在UC中可用于诱导或维持缓解，其效果在个别研究中可与标准治疗相当，但在CD中尚未有明确获益。总体来看，多菌株制剂的疗效优于单一菌株，但不同研究之间结果差异较大，提示现有益生菌在稳定重塑肠道微生物组功能方面的能力仍然有限。

在益生元及合生元领域，研究主要集中于促进有益菌生长和代谢功能恢复，部分研究提示，益生元或合生元可改善UC的炎症活动度及微生物特征，但其适用人群和疾病亚型仍需进一步明确。

总体而言，饮食干预目前仍是最具可行性的微生物组调控策略，而益生菌和益生元的临床应用则受到菌株差异、患者异质性及制剂缺乏标准化的限制。未来的发展方向在于开发具有良好定植能力的理性设计菌群组合，或实施与疾病状态相匹配的精准营养和益生元递送策略，并通过严格设计的临床研究验证其有效性和安全性。

通过FMT将健康供体的微生物群引入患者体内，以纠正菌群失衡，已成为最具代表性的微生物组干预策略之一。在UC中，多项随机对照试验显示，FMT在诱导短期临床和内镜缓解方面具有一定疗效。然而，其总体缓解率处于中等水平，且个体差异显著。仅有部分患者能够在一年后维持缓解，多数情况下仍需重复移植或联合饮食干预以维持疗效。相比之下，FMT在CD中的临床证据更为有限。现有系统评价及随机对照研究尚未显示明确的整体获益。尽管如此，在部分应答患者中可观察到微生物群组成向供体特征转变，提示菌群重塑可能参与疗效机制。

进一步研究表明，FMT的治疗效果并非随机事件，而是与供体微生物群特征及受体菌群定植能力密切相关。特定有益菌及其代谢功能的富集与临床缓解呈正相关，而某些细菌和真菌则与无应答状态相关。此外，噬菌体及真菌群落也可能通过影响细菌定植过程，间接调控治疗结局。

然而，与复发性艰难梭菌感染中单次移植即可获得较高成功率不同，IBD患者通常需要多次干预，且长期疗效仍不稳定。目前，FMT在IBD中的临床应用仍受到多方面因素限制，包括机制认知尚不充分、操作流程缺乏统一标准、规模化推广困难以及监管审批挑战等。未来，基于宏基因组学的供受体匹配、靶向菌株水平的定植优化，以及与饮食、抗生素或生物制剂联合应用的精准化干预策略，有望克服传统FMT疗效波动的问题，为微生物组治疗在IBD中的规范化应用奠定基础。

LBP指以活性微生物为有效成分，用于治疗、预防或缓解人类疾病的生物制剂。相较于传统益生菌和经验性粪菌移植，LBP强调明确的组成、可控的生产流程以及可验证的安全性和作用机制，被认为是微生物组治疗走向规范化和可监管化的重要方向。

该领域的重要转折点源于复发性艰难梭菌感染中组成明确的微生物联合制剂获得监管批准，证明了可定义菌群组合的临床可行性。近年来，部分早期临床试验开始评估LBP在IBD中的应用潜力。例如，由多种非致病共生菌构成的优化菌群制剂，在轻中度UC中显示出改善疾病活动度和降低炎症指标的趋势；而由多株梭状芽孢杆菌组成的菌群制剂，则在早期试验中表现出较好的定植能力和抗炎效应。这些结果提示，合理设计的多菌株组合可能在一定程度上复制粪菌移植的有益效应，同时避免其不可控性。

除天然菌群组合外，工程化微生物也是LBP的重要发展方向。通过基因工程手段改造的益生菌，可定向分泌具有免疫调节或黏膜修复作用的分子，在早期研究中显示出降低炎症活动度的潜力。此外，单菌株活体生物治疗产品 (亦称“下一代益生菌”) 正在拓展微生物组干预的精细化程度。

除细菌外，噬菌体和后生元也被视为LBP体系的重要补充。噬菌体因其高度特异性和自我复制能力，可选择性抑制促炎菌株，在动物模型和早期人体研究中显示出良好的安全性和潜在疗效。后生元则通过直接补充微生物代谢产物，促进黏膜修复并调节免疫反应，可能作为微生物干预的辅助手段发挥作用。

总体而言，LBP为炎症性肠病的微生物组治疗提供了一条比传统粪菌移植更可控、更易标准化的路径。然而，其发展仍面临多重挑战，包括如何在保证安全性的同时实现稳定定植、如何平衡菌群复杂性与生产可行性，以及如何在异质性极高的患者人群中明确适用场景。

除在诊断和治疗中的作用外，越来越多证据表明，IBD具有一个较长的前临床阶段，包括肠道微生物组扰动、肠道屏障功能改变及免疫系统激活。近期观察性研究已识别出多种前临床血液和粪便生物标志物，如循环抗微生物抗体、抗粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子抗体，以及蛋白质、代谢物和糖组学特征的异常。

尽管这些标志物的动态变化及其与不同疾病表型的关系尚未明确，但其为疾病风险预测及识别可能从微生物组干预中获益的高危人群提供了重要机会。研究还显示，IBD母亲所生婴儿存在肠道微生物多样性下降及免疫印记异常，提示生命早期可能是开展微生物组预防性干预的关键窗口。

在高风险人群中，已有临床试验评估基于微生物组特征指导的个体化饮食干预，以及人工构建微生物或特定微生物联合制剂的预防潜力。INTERCEPT研究通过血液风险评分筛选高危个体，以评估维得利珠单抗在延缓或阻断CD发病中的效果。

微生物组研究被普遍认为具有重塑IBD诊断与治疗范式的潜力，但目前仍面临一定程度的转化受阻。这一困境并非源于发现不足，而是反映了系统性瓶颈，若不能有效应对，可能影响微生物组研究的可信度及其临床安全应用。

首要挑战在于微生物组的高度动态性和个体特异性，使得在微生物与疾病之间建立稳定因果关系极具难度，可能导致机制误判和无效干预。其次，样本采集、处理及数据分析缺乏统一的标准，严重限制了研究结果的可重复性和跨队列验证。最后，多数临床医生缺乏系统的微生物组科学训练，而部分基础研究又缺乏明确的临床可操作路径，存在潜在的医疗和安全风险。

展望未来，微生物组研究需从以关联性发现为主，转向标准化、协作化和机制导向的发展模式。在研究早期引入明确的临床终点和监管视角，是实现有效转化的关键。缩小转化鸿沟需要技术、机制和监管层面的协同推进，包括从研究级测序转向靶向、可操作的检测策略，以及通过模型系统和多组学整合明确关键微生物及其因果作用。同时，活体生物治疗产品和其他微生物组疗法需在严格评估安全性和有效性的基础上，与监管机构建立清晰的审批路径。随着人工智能和机器学习在微生物组分析中的应用，诊断和治疗工具有望更加快速、低成本且标准化。

图3 微生物组技术、创新与分析平台的演进

本图概述了微生物组研究技术与分析体系从早期探索阶段向精准化与智能化阶段演进的发展路径。在技术层面，研究最初依赖高通量测序进行全面微生物组图谱构建及潜在生物标志物筛选，随后逐步转向针对特定标志物的精准检测与快速定量分析。为提升临床转化能力，新型技术平台不断涌现，例如即时检测诊断系统，实现床旁检测与疾病实时监测，从而缩短实验室研究与临床应用之间的转化距离。在分析框架层面，研究范式亦发生显著转变：早期侧重于单一或特定微生物的组成与功能特征描述；当前则强调多组学数据的整合与系统性解析。随着研究人群多样性的扩大，标准化分析框架与数据共享体系逐步建立，以提高结果的可重复性与跨队列可比性。在大数据背景下，人工智能技术日益融入微生物群落建模与预测分析，为诊断模型与疗效预测模型的构建提供有力支持。

进入21世纪以来，微生物组研究逐步从相关性分析转向因果探索，但基础研究与临床应用之间仍存在转化鸿沟。随着多组学技术、先进模型和计算方法的发展，微生物组在IBD中的诊断和治疗潜力日益显现。未来，通过优化研究设计并加强科研、临床、产业与监管协同，有望推动微生物组研究实现临床转化。