厦门眼科中心白内障･老花眼科是国内开展白内障超声乳化及人工晶体植入手术较早、规模较大、诊疗技术先进的学科。科室自2012年以来，连续多年白内障复明手术量排名全国前列，在全国白内障诊治方面享有盛誉。开展各种类型晶状体疾病诊治，包括老视、复杂白内障、儿童先天性白内障及晶状体脱位和高度近视等疑难病例，已累计帮助三十余万名白内障患者重获光明。多次应中国驻外大使馆邀请前往缅甸、尼泊尔、斯里兰卡、柬埔寨等国家开展慈善光明行活动，为国际光明事业贡献力量。科室人才梯队完整，技术实力雄厚。其中拥有教授和主任医师5人，博士和副主任医师5人，还包括厦门大学专任教授、博士生导师、硕士生导师等各级专业研究人员。近年来科室承担多项国家级、省级、市级科研课题，并成为中华眼科学会指定“全国白内障手术培训基地”。目前，科室拥有六大专业的治疗中心：老视矫正中心;飞秒激光白内障手术中心;白内障散光矫正中心;疑难白内障手术中心;高度近视治疗中心;先天性白内障治疗中心。

厦门眼科中心眼表及角膜病专科 是国家及省级临床重点专科，省、市院士工作站，市重点专科和省、市眼表与角膜疾病重点实验室。专科由眼科界唯一的中国工程院院士谢立信教授，亚洲干眼协会主席刘祖国教授，眼表及角膜病中心学科带头人吴护平教授领衔，拥有博士生、硕士生导师6人，培养博士后、博士、研究生15人，形成了院士引领、实力雄厚的人才梯队，实现医、教、研高质量发展。专科打造翼状胬肉中心、角膜移植中心、圆锥角膜中心、干眼中心四大中心，为患者提供全面、系统、个性化定制的治疗方案。在国内，专科打造了翼状胬肉手术极低复发率的业内“神话”;先行开展飞秒激光角膜移植、角膜内皮移植、基质角膜移植、异体角膜移植、人工角膜移植、口唇黏膜移植及眼表重建术;率先开展紫外光核黄素角膜交联术治疗圆锥角膜;配备世界一流的睑板腺、泪液功能及过敏检测设备，在睑板腺功能障碍、干眼症和过敏性眼病的治疗，水平接轨国际。