骨肉瘤中微小RNA相关的非编码长链RNA研究进展
2022-05-28 来源:中国骨与关节杂志


作者:哈尔滨医科大学附属第一医院骨科   刘昊阳


骨肉瘤,一种骨组织恶性肿瘤,其结缔组织能直接诱导产生肿瘤骨或骨样组织,常发生于管状骨,例如股骨下端及胫骨上端,且预后不良;主要发生于青少年,在儿童恶性肿瘤中发生率为5%。近40年来,从手术、治疗和放射治疗方面的最新进展来看,骨肉瘤患者的5年存活率,已从不足20%上升到70%。张清等统计的10年数据证明,患者一旦出现远处组织转移,平均生存时间一般<1年。所以有必要进一步进行骨肉瘤基因水平的研究。近30年来,一些LncRNA逐渐被发现在骨肉瘤组织中有不同的表达和影响,LncRNA是没有编码蛋白质功能的一组长度>200个核苷酸的基因编码产物,其在多种肿瘤病情的发展中发挥重要功能;现发现其在不同物种中的自我保守性不稳定,但某些表达重要功能的LncRNA中,含有部分高保守元件,这些高保守元件可维持其功能的稳定表达,降低异变性,这可能是一个治疗骨肉瘤的靶点方向。而近年来发现LncRNA与miRNA存在海绵效应,即LncRNA作为miRNA的内源竞争性RNA(ceRNA),可像海绵吸水一样将miRNA吸附到LncRNA的长链上进行调控作用,进而发挥促进或抑制骨肉瘤发展的功能。现就骨肉瘤中miRNA关联的长链非编码RNA的研究进展综述如下。


促进骨肉瘤增殖发展的LncRNA


最新的许多研究表明,较多LncRNA对骨肉瘤的病情发展有促进作用,将其沉默后可达到缓解病情的目的,而其中大部分都与miRNA有关。


ADPGK-AS1:Luo等研究发现ADPGK-AS1在骨肉瘤组织与细胞中被大量诱导表达,而miR-542-3p在同等环境下表达降低;功能实验表明,抑制ADPGK-AS1可以促进细胞凋亡。同时miR-542-3p被证实是ADPGK-AS1的靶向miRNA,miR-542-3p表达上调可以逆转ADPGK-AS1对骨肉瘤细胞增殖、迁移和侵袭的正向作用。但其中详细分子机制尚待进一步研究。


LINC00963:Zhou等经研究发现LINC00963在骨肉瘤细胞中高表达。荧光素酶报告基因实验显示,LINC00963可以通过靶向结合miR-204-3p来抑制其表达;此外,研究初步证明了FN1(纤维连接蛋白1,Fibronectin-1)是LINC00963/miR-204-3p轴在骨肉瘤中的靶点,FN1是纤维连接蛋白家族的一个成员,近年来的研究已证明其与多种癌症的侵袭迁移有关,但其在骨肉瘤中详细作用机制尚不明朗,综上所述,LINC00963可通过负向调控miR-204-3p,并促进FN1的表达来增强骨肉瘤细胞的增殖和迁移。


SND1-IT1:SND1-IT1在近期研究中被发现在骨肉瘤中过表达。实验发现miRNA-665是SND1-IT1的靶基因,两者呈负相关,而POU2F1(第2类POU结构域转录因子1)是miRNA-665的靶基因,其过表达可导致DNA异常表达,并且可以促细胞上皮转化EMT,实验发现,miRNA-665可使POU2F1表达水平降低,而SND1-IT1可促进其表达。由此可初步推测,SND1-IT1可通过抑制miRNA-665表达从而上调POU2F1,加强骨肉瘤的增殖和迁移能力,最终促进骨肉瘤的进展。


TMPO-AS1:TMPO-AS1在近期研究中被发现在骨肉瘤组织和细胞中显著过表达。研究表明,TMPO-AS1可以靶向结合于miR-199a-5p,且miR-199a-5p的过表达可抑制骨肉瘤发展。此外,WNT7B(Wnt蛋白家族7B抗体)是Wnt/β-catenin通路的关键成分之一,其被证实是miR-199a-5p的下游基因,过表达可促进组织上皮化,提高细胞异型性。挽救实验表明,在抑制miR-199-5p表达的骨肉瘤组织中再度抑制WNT7B,细胞增殖程度下降,这证明了WNT7B的表达被miR-199a-5p反向调控。由此可推测TMPO-AS1通过负向作用于miR-199a-5p,增强了WNT7B表达,从而促进骨肉瘤的发展,这为临床治疗提供了全新的治疗方向。Liu等发现TMPO-AS1与miR-329呈负相关,miR-329与E2F1呈负相关;E2F1是一个关键的细胞内转录因子,是E2F家族中第一个克隆的蛋白,其与EMT高度相关,因此TMPO-AS1可通过负调控miR-329来促进E2F1表达,进而促进EMT的发展,最终导致骨肉瘤发生发展。


RP11-361F15.2:RP11-361F15.2经最新研究发现在骨肉瘤组织中显著升高。研究发现miR-30c-5p可负向作用于CPEB4(胞质聚腺苷酸结合蛋白4),而RP11-361F15.2可通过竞争性地结合miR-30c-5p来上调CPEB4的表达,而CPEB4在多种人类肿瘤中均有异常表达,且在癌症患者中的异常表达与预后有显著相关性。而在骨肉瘤中,RP11-361F15.2可通过抑制miR-30c-5p使CPEB4的表达上调,从而促使骨肉瘤细胞迁移侵袭,另外RP11-361F15.2还可以诱导TAMs极化,研究已证实肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)的极化被认为在肿瘤迁移和侵袭中起关键作用;但关于RP11-361F15.2相关的TAMs极化方面的详细分子机制尚不明确,应进一步深入研究。


PCAT6:Zhu等研究发现骨肉瘤组织中PCAT6表达升高,并且PCAT6的表达上调与骨肉瘤细胞的转移状态和晚期预后呈正相关。此外PCAT6可作为ceRNA负向调控miR-185-5p,从而增强miR-185-5p的靶向标志物TGFBR1和TGFBR2的表达,进而激活TGF-β通路,而TGF-β在较多肿瘤中都被证明可促进癌细胞增殖侵袭。总之,PCAT6通过抑制miR-185-5p促进TGF-β通路表达,从而促进骨肉瘤的发展。有学者发现将PCAT6过表达后,MDM2E3(泛素蛋白连接酶)表达增加,P53和P21水平降低,骨肉瘤的细胞学功能得到促进,下调MDM2后,骨肉瘤细胞的增殖、迁移和侵袭能力受到抑制。此外,当MDM2下调后,P53和P21的表达得到了部分恢复。这些结果表明,PCAT6通过促进MDM2的表达,抑制P53和P21的表达,从而促进骨肉瘤细胞的增殖、迁移和侵袭。


CDKN2B-AS1:CDKN2B-AS1经近期研究表明在骨肉瘤组织中过表达,研究发现CDKN2B-AS1可靶向作用于miR-4458,而MAP3K3经分子机制实验被证实是骨肉瘤中miR-4458的下游靶点,并被miR-4458负调控;在CDKN2B-AS1抑制后的骨肉瘤组织中,MAP3K3的强制过表达可以部分挽救被抑制的细胞增殖状态。因此,CDKN2B-AS1通过负调控miR-4458增强MAP3K3的表达,从而促进了骨肉瘤的进展,但关于MAP3K3的详细功能,应进一步研究。Abula等发现CDKN2B-AS1可抑制microRNA-122-5p(miR-122-5p),使细胞周期蛋白G1(CCNG1)表达升高,进而促进骨肉瘤细胞的增殖。


DDX11-AS1:DDX11-AS1在Zhang等的研究下发现其在骨肉瘤细胞中显著过表达。功能缺失实验发现DDX11-AS1表达水平降低后,骨肉瘤细胞增殖、转移及上皮-间质转化(EMT)过程遭受抑制;实验证明DDX11-AS1可以通过抑制miR-873-5p来上调骨肉瘤组织中DDX11的表达,而DDX11已证明与多种肿瘤组织的病情进展有关,同时功能试验证明了miR-873-5p表达上调可以在骨肉瘤中的细胞增殖、转移和EMT过程发挥抑制性作用。此外,DDX11-AS1在骨肉瘤中通过与IGF2BP2(人胰岛素样生长因子2mRNA结合蛋白2)结合来提高DDX11稳定性,而IGF2BP2已被证明参与维持多种LncRNA的稳定,可间接促进肿瘤细胞的生长。综上所述,DDX11-AS1通过抑制miR-873-5p上调骨肉瘤组织中DDX11,并可通过与IGF2BP2结合稳定并促使DDX11发挥功能,从而促进骨肉瘤进展。


DANCR:Pan等研究发现DANCR在骨肉瘤组织和细胞系中过表达。功能实验表明DANCR的表达下调可诱导细胞凋亡。DANCR是miR-216a-5p的ceRNA,而SOX5是miR-216a-5p的直接靶点,过表达的miR-216a-5p通过下调SOX5的表达起到抑制细胞增殖的作用。SOX基因家族是一类Y染色体性别决定区(SRY)相关基因构成的基因家族,SOX5是其家族中一员,与多种肿瘤发展呈正相关。总之DANCR可通过抑制miR-216a-5p上调SOX5的表达,从而促进骨肉瘤组织增殖侵袭。Wang等发现下调DANCR可抑制ROCK1介导的骨肉瘤细胞增殖和转移,并通过负作用于miR-335-5p和miR-1972,促进ROCK1介导的侵袭转移;ROCK1(Rho相关卷曲螺旋形成蛋白激酶)高表达可提升肌球蛋白轻链磷酸化水平,增加肌动蛋白和肌球蛋白的收缩力,提升细胞的侵袭能力。


FTX:Huang等发现FTX通过调控TXNRD1/miR-320a轴发挥其对骨肉瘤的调控作用,Huang等经QRT-PCR实验发现,骨肉瘤中FTX和TXNRD1表达水平异常上调,而miR-320a表达明显下降;荧光素酶报告基因分析显示,FTX和TXNRD1均可与miR-320a结合,并可同时抑制其表达,但内在详细的分子机制尚不明确,待进一步深入研究发现。Chen等发现FTX在骨肉瘤组织和细胞系中的表达水平升高,与miR-214-5p的表达水平呈负相关。沉默FTX后骨肉瘤的生长和转移受到抑制,此过程中miR-214-5p表达上升。此外,FTX还可以通过作用调控miR-214-5p进而调节SOX4的表达;SOX4是SRY-BOX转录因子家族中的一员,已发现其在多种癌症中过表达。综上,FTX可负调控miR-214-5p,进而上调SOX4表达,从而导致骨肉瘤发生发展。


KCNQ1OT1:Wang等经实验发现KCNQ1OT1在骨肉瘤中的表达上调,分子机制实验表明,KCNQ1OT1可作为miR-4458的ceRNA抑制miR-4458的功能,并增强了KCNQ1OT1靶基因CCND2(cyclinD-2)的表达,而CCND2与多种肿瘤细胞增殖有关。总而言之,KCNQ1OT1抑制其ceRNA-miR-4458的表达,从而使得自我表达增强,同时上调其靶基因CCND2的表达,最终使骨肉瘤细胞及组织增殖侵袭能力增强。Huang等发现下调KCNQ1OT1可抑制骨肉瘤中的Wnt/β-catenin信号通路。KCNQ1OT1可以负调控miR-3666,Kruppel样因子7(KLF7)是miR-3666的靶基因,当miR-3666被下调后,KLF7表达上升,Huang等发现,KLF7过表达后,已抑制的KCNQ1OT1-Wnt/β-catenin信号传导得到恢复。总的来说,KCNQ1OT1通过靶向作用miR-3666/KLF7轴促进骨肉瘤进展并激活Wnt/β-catenin信号传导。


MIR17HG:MIR17HG经最新研究发现其在骨肉瘤中过表达,并能提升细胞的顺铂耐药性。分子机制实验发现MIR17HG可靶向作用于miR-130a-3p和转录因子SP1,并且可以抑制miR-130a-3p表达,促进SP1表达;SP1已被证明与多种癌症病情发展相关。此外,SP1还可以与MIR17HG启动子区再次结合,进一步促进其表达,形成反馈环。这种自有反馈环的分子系统是一个全新的发现,是很有价值的研究方向,有必要继续深入研究。


PBB12:PBB12经近期研究发现在骨肉瘤中表达增加。分子机制研究发现,PBB12可与hsa-miR-204-5p竞争性结合,同时PBB12可干预kruppel样因子4(KLF4)来激活转录因子2(ATF2)通路,进而增强骨肉瘤细胞的增殖和侵袭。PBB12高表达可导致抑癌基因KLF4和hsa-miR-204-5p功能丧失。此外,功能实验数据显示,PBB12沉默后,KLF4对肿瘤细胞增殖和侵袭的抑制作用被显著增强。总之,PBB12通过抑制hsa-miR-204-5p表达,促进自我表达上升并激活ATF2通路,抑制KLF4的表达,从而促进骨肉瘤发展。


MYOSLID:MYOSLID在最新研究中发现在骨肉瘤组织中高度表达,MYOSLID被敲除后可抑制骨肉瘤细胞的增殖、迁移和侵袭;通过荧光素酶报告基因实验和RNA下拉实验,证实了MYOSLID与miR-1286可直接相互作用,由此推测miR-1286是MYOSLID的靶标基因。MYOSLID被抑制后,可促进miR-1286在骨肉瘤细胞中的表达,这说明MYOSLID的表达与miR-1286的表达呈负相关。另外用生物信息学方法以及荧光素酶报告基因实验,证实了miR-1286的靶向基因是RAB13。而RAB13是多种癌症的典型致癌基因。因此可认为,MYOSLID可通过抑制miR-1286的表达上调RAB13,从而加快骨肉瘤的进程。


综上所述,LncRNA作为miRNA的ceRNA(内源竞争性RNA),可充分发挥其海绵功能,可吸附相关miRNA进行单向正表达水平的调控,进而通过相关信号通路或因子促进骨肉瘤的发展变化,现已确定LncRNA单向调控miRNA,但miRNA是否能反作用于LncRNA,是否可以通过相关通路或细胞因子进行负反馈作用,现在尚不得知,若miRNA可靶向负反馈调节LncRNA,对于临床治疗将有很大意义,这些问题仍须继续深入研究。


抑制骨肉瘤增殖发展的LncRNA

在骨肉瘤中,除了大多数起到促进作用的LncRNA,另有一些LncRNA的表达可抑制骨肉瘤的发展,起到负向作用,现将与miRNA相关的该类基因的作用机制列举如下:


LINC-PINT:该基因近期研究被发现在多种癌性组织中均有抑制性表达;Liu经研究发现LINC-PINT在骨肉瘤组织中表达减低,而在其表达增强的组织中发现miRNA-21表达下降,由此可见LINC-PINT过表达可抑制miRNA-21表达,实验已证明miRNA-21过表达会提高细胞的增殖侵袭性,但miRNA-21过表达却对LINC-PINT表达无明显影响,这说明LINC-PINT对其发挥单向作用的功能。总之,LINC-PINT可能通过下调miRNA-21抑制骨肉瘤发展,而详细的分子机制应进一步深入研究。


MEG3:近年研究证明MEG3在骨肉瘤组织中异常表达,有明显的抑癌功能,而既往研究表明MEG3可与p53结合,发挥协同正向作用抑制肿瘤发展。而最新研究发现MEG3和miR-361-5p在骨肉瘤组织和细胞系中同比显著下调,实验发现MEG3可直接靶向结合miR-361-5p,显著上调其表达,上调的MEG3和miR-361-5p明显抑制骨肉瘤细胞生长转移,但其中具体的分子机制尚不明朗,尚需进一步查明。


SERTAD:SERTAD基因,被认为是关键的核转录参与者,在细胞增殖及异变性上发挥着重要的调控作用。近期研究发现其与骨肉瘤的发展有关;实验中发现SERTAD2-3在骨肉瘤细胞中过表达,并可通过诱导细胞G1期周期阻滞和细胞凋亡来抑制细胞生长;而miR-29c经研究发现其是SERTAD2-3的ceRNA,且两者的表达呈负相关。实验发现miR-29c在骨肉瘤组织中表达上调,并可靶向抑制于抑癌基因PTEN,提高骨肉瘤细胞的增殖侵袭性,因此初步推测,SERTAD通过抑制miR-29c的表达,促进PTEN表达,进而抑制骨肉瘤的发展。


综上所述,LncRNA作为miRNA的ceRNA,可充分发挥其海绵功能,可吸附相关miRNA进行单向负表达水平的调控,从而抑制骨肉瘤的发生发展,但有两个问题:(1)抑制性miRNA相关LncRNA较促进性LncRNA数量要少,这是否和miRNA的某些作用有关;(2)抑制性miRNA相关的信号通路和因子未得到深入研究,这是否说明在抑制骨肉瘤的过程中,某些信号通路和细胞因子的功能发挥的较为隐匿或者是消极作用,这些都须进一步研究。


LncRNA及miRNA共同作用下的骨肉瘤预后情况


骨肉瘤作为一种预后极差的骨科疾病相关肿瘤,远期的生存率尤为重要,现对于骨肉瘤基因层面的研究仍不完善,探索到抑制骨肉瘤相关LncRNA较少,而抑制性LncRNA的意义对于骨肉瘤的治疗有着极其重要的作用,但对于强化抑制性LncRNA表达后会不会减弱增强性LncRNA的作用,还须进一步研究证明。而miRNA大多数可作为内源性竞争性RNA调控LncRNA的表达进程,这也是能够改善预后的治疗方向。总之现今骨肉瘤的预后年限虽然上升,但总体不容乐观,仍须继续研究延长患者预后时间。


展望


目前,对于参与骨肉瘤病情发展的LncRNA的研究日渐广泛及深入,少部分被发现存在抑制性表达,如SERTAD、LINC-PINT和MEG3等可起到抑癌作用,而大多数LncRNA都倾向过表达,如ADPGK-AS1、LINC00963、CDKN2B-AS1和MIR17HG等都增强了骨肉瘤细胞的增殖、侵袭和迁移性,现是否可将某些高度表达的LncRNA作为生物标志物来预测骨肉瘤患者的预后,认为是一个较新的研究领域,这可为治疗方案的制订提供更好的方向,应充分进行发掘研究。此外,还有很多与骨肉瘤相关的LncRNA未被发现,即使发现了的LncRNA依然尚有很多分子机制不明确,尤其是关于作为内源性竞争性RNA的miRNA的具体调控机制,还须继续研究,所以还需要继续不断的发展分子生物学技术,以求未来对骨肉瘤的治疗提供更多的指导方向,但可以明确的是,LncRNA及miRNA在骨肉瘤方面的角色十分重要。


来源:中国骨与关节杂志2022年1月第11卷第1期

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