SHANK3基因，位于人类第22号染色体上。它们主要负责转录合成突触后膜上的脚手架蛋白；同时，在突触形成以及树突棘的成熟上，它也具有一定的作用。SHANK3基因一般作用于谷氨酸能突触。
自闭症症候群，是一组兼具多样性与特异性的矛盾体。超过100个基因缺陷才会产生一种自闭症表型，每一个表型的症状却又十分独特。既往研究表明，这些基因上的缺陷，大部分都影响了突触的功能。
从上可以看到，SHANK3会影响突触，而自闭症症候群的可能机制，很可能是因为基因缺陷影响突触功能所致。于是，SHANK3基因、突触，以及自闭症，就这样被联系到了一起。
在临床试验中，科学家利用老鼠体内与人类同源的SHANK3基因，制造了两种老鼠模型。
第一种模型鼠不能表达SHANK3的α亚基，而β与γ亚基的表达不受影响；另外一种老鼠不能表达α与β亚基，γ亚基的表达水平也大幅下降，这种模型鼠，我们称作SHANK3B-/-。
结果发现，与对照组相比，第一种模型鼠，并没有出现行为模式的改变；而第二种模型鼠，则出现了明显的自闭症样行为，具体表现为焦虑、自我伤害、缺少社会交流与相应的好奇心，而这些行为改变，并不能用喂养来解释。
我们知道，SHANK3基因在人类和老鼠的纹状体上会大量表达。研究人员发现模型鼠SHANK3B-/-相应突触的神经信号传递强度下降，通过神经解剖，他们在老鼠的神经元上找到了相应的证据：这种老鼠突触的后膜密度(后膜上对神经递质起作用的区域)与对照组相比要小。而后膜上的脚手架蛋白与谷氨酸能递质受体的亚基，也少于对照组。
与这些证据一致的，是研究人员们发现：这种老鼠从皮层向纹状体传递的神经冲动，也相对要少。即使是传递的神经冲动，其动作电位的振幅与频率也相对减小。但这些发现，似乎只局限在纹状体区。
研究人员在细胞学上也找到了相关的证据。SHANK3B-/-老鼠神经元的表面积较对照组更大，其树突更长，树突分支也更加复杂。以往的研究发现自闭症患儿的大脑比正常儿童要大，在SHANK3B-/-老鼠中，大脑体积并未增加，但其尾状核（位于纹状体）明显大于对照组，这在自闭症症候群患者中也有类似发现。
SHANK3B-/-老鼠更复杂树突的出现，究竟是什么原因？是不是因为神经元不能得到足够冲动的刺激，于是树突变得更长，更复杂，去主动寻找脑内的神经冲动？研究人员并没有就这些问题进行深一步的实验，也没有做出初步的解释。而这些形态学变化所导致的神经元功能性改变，是仅仅在SHANK3B-/-老鼠中出现，还是能推广到更多的自闭症患者，成为更为普遍性的解释，目前也没有明确答案。
仅就研究中所观察到SHANK3B-/-老鼠的动作电位的振幅与频率相对减小这点而言，因为突触后膜分子结构组成十分复杂，不仅仅是SHANK3基因的突变，很多种其它遗传物质的改变，都可以造成类似的结果。但可以肯定的是，研究人员的观察结果，对于自闭症症候群多样性与异质性的具体机制，很可能是一个非常好的补充。而SHANK3基因在肠、肾脏以及很多其它脏器都有表达，并在表皮翻转、粘膜免疫的发展中起到重要作用，可以说，各个系统都能发现SHANK3基因的影子，这对于自闭症症候群患者全身系统性的功能改变，也是一个可能的解释。
近年来，自闭症症候群患者症状的暂时性缓解的个案证据，是令相关研究人员非常感兴趣的领域。目前已有研究表明，三种与自闭症症候群相关的遗传疾病：脆X染色体综合征、Rett综合征与结节性硬化，已经在动物模型中，通过进行分子干扰，达到了缓解自闭症症状的效果。而自闭症症状也可以因为发热、激素治疗以及医疗操作前严格的饮食控制得到暂行性缓解。另外，还有20%的儿童通过严格干预后，症状似乎也得到改善。这些证据都提示我们，自闭症是可以得到干预的。但是，究竟是哪条神经通路，对于干预最为敏感呢？SHANK3B-/-老鼠似乎给了我们一个提示，这种不能表达α与β亚基，γ亚基的表达水平也大幅下降的老鼠，出现了自闭症样行为。具体是在基因转录的哪一个步骤，导致了这样一个结果？这其中的机制，对于自闭症症状的缓解，可能大有裨益。
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