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取消事业编制，实行同工同酬，是对取消编制前在编人员的不平等。同工同酬是一项体现公平和权利的制度。但是在编与非编人员其实并不“同工”，所以谈同酬是缺少前提和基础的。在编和非编人员在招录时招录方式和标准完全不同，在编岗的要求比非编岗更高，非编人员都是在在编落选人员中进行。如果录用后不顾招录时的区别（而这些在招录简章上都有说明，是一清二楚的，双方自愿），而一味要求非编人员与在编人员享受同工同酬、同等待遇，那意味着是对在编人员的不公平。由此可见，如果以取消编制来实现同工同酬，非编人员是满意了，可对在编人员却是降低了待遇。
取消事业编制，将造成取消编制前人员和取消编制后招录人员之间的不平等。取消编制前的人员是一种待遇，取消编制后的人员是一种待遇，不能同工同酬，这样显然不公平，你可以用这是历史的遗留问题作为存在的理由，但依然是不公平。另外，取消编制前有在编和非编的区别，这些非编人员在取消编制后如何处理？实行老人老办法，他们肯定吃亏，如果与取消编制后招聘的人员待遇一样，是不是要与新招聘人员同场竞技后重新录用，不达标准者淘汰呢？这是不是对取消编制前非编人员的不平等。
取消事业编制，将造成医务人员和事业单位人员之间的不平等。这一点不用多说，大家非常容易理解，本来都是体制内的，彼此彼此，平起平坐，忽然一夜之间你的用工性质莫名其妙的变了，无论是变好了，还是变差了，但一定是不一样了。从此以后，你就是你，我就是我，我们不再是同一个道上的人了，不平等也就产生了。
公立医院取消编制的改革，会不会弱化公益性，为逐利找到名正言顺的理由。取消编制给医务人员带来的不是一片叫好声，而是更多担忧。会不会制造新的不公平和歧视。执业环境，稳定的收入，成长的机会，各种保障等，都将是变数和未知数。取消编制的改革，对医务人员是极大的考验，对病人更是未知的风险。
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