寻找致病微生物对肺炎的治疗很重要。日本呼吸学会（JRS）于2024年发布了《成人肺炎实践指南2024版》，关于肺炎的致病微生物检测，指南主要涉及以下内容。

1.涂片、培养和鉴定试验

在痰液革兰氏染色和培养试验中，不同的染色方法和培养基可以检测到的不同微生物，因此应采用适合于可疑致病微生物的方法。高质量痰液样品的革兰氏染色不仅可以发现细菌存在与否，还可以获得中性粒细胞和细菌的变化，使选择抗生素和评估其有效性成为可能。在培养和鉴定试验中，质谱仪的引入缩短了检测所需要的时间。

2.血液培养

血液培养对于确定致病微生物很重要，应在住院治疗的患者中进行。

3.抗原检测

可针对致病肺炎微生物进行抗原检测，包括肺炎球菌、嗜肺军团菌、肺炎支原体、人偏肺病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒（RSV)、流感病毒、SARS-CoV-2等。免疫层析法抗原检测简便、快速，对于诊断引起肺炎的微生物具有重要意义。不过在上呼吸道标本中检测到的病毒抗原是否为肺炎的病原微生物，还有待进一步研究。

尿抗原检测肺炎球菌和嗜肺军团菌被广泛应用于临床。如果既往使用过抗菌药物，培养检出率可能会降低；但肺炎球菌尿抗原的检出率在使用抗菌药物治疗后也不会降低，存在肺炎发病数月或更长时间后尿液中仍能检测到抗原的情况。因此，在反复肺炎的情况下，即使肺炎是由其他病原微生物引起的，也应注意尿抗原可能因既往肺炎球菌或军团菌感染而呈阳性。

关于病毒性肺炎的抗原检测，可以定性或定量检测 SARS-CoV-2。由于免疫层析的定性检测可以作为一种简单而快速的床旁检测，对于有症状患者的筛查很有用。化学发光酶免疫分析测定需要检测仪器，但比免疫层析更敏感。

4.基因检测

基因检测，以 PCR 和 LAMP 法为中心，通常是一种准确性很高的检测方法。近年来，经过简单预处理，可以在短时间内检测出主要微生物的全自动基因检测系统已经开发出来并逐渐普及。也有一些系统可以单次综合检测细菌性肺炎、非典型肺炎和病毒性肺炎的主要致病微生物和耐药基因。

5.血清学诊断

血清抗体滴度检测已用于支原体肺炎、肺炎衣原体、病毒和其他难以通过培养检测的病原体。通常，在感染开始时和2周后使用配对血清，如果抗体滴度增加了4倍或更多，则视为阳性。肺炎衣原体感染可通过检测抗肺炎衣原体抗体来诊断，可测定IgM、IgG、IgA 三种抗体滴度，根据截断值或 IgG、IgA 抗体滴度显著升高确定感染病原体。IgM 抗体在发病后 2 ~ 3周开始升高，4 ~ 5 周后达到峰值，3 ~ 5 个月后变为阴性。IgG 抗体在 30 天后上升，3-4 个月后达到峰值，因此必须根据抗体滴度的变化在适当的时间进行检测。

6.其他检测方法

除正常病理检查外，获得的活检组织和支气管肺泡灌洗（BAL）溶液可进行免疫组织学染色、原位杂交、抗原检测和基因检测等检测方法。

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