m6A修饰在胶质瘤中作用的研究进展
2025-05-13 来源:中国临床神经外科杂志

作者:孙杰,山西医科大学第五临床医学院;胡涛,山西医科大学附属人民医院神经外科

 

胶质瘤是中枢神经系统最常见的恶性肿瘤,即使采用综合治疗方案(手术联合术后放/化疗),效果仍不理想,预后很差。所以,了解胶质瘤的病理生理机制极为重要。N6- 甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)修饰是RNA修饰中最常见的RNA转录后修饰,广泛存在于mRNA或非编码RNA中,几乎在所有的生物过程中起重要作用。m6A是中枢神经系统中高丰度的重要转录组标记,在神经系统发育中起至关重要的作用。

 

研究证明,m6A修饰在白血病肺癌鼻咽癌等发病过程中起重要作用,但是目前关于m6A修饰在胶质瘤中的作用研究还是处于起步阶段。本文就m6A修饰在胶质瘤发生、发展的作用以及在治疗、预后评估中的价值的研究进展进行综述,为胶质瘤的早期治疗和预后分析提供参考。

 

1. m6A 修饰概述

 

m6A是RNA腺嘌呤(A)上第6位N原子的甲基,主要影响mRNA的稳定性、翻译效率、可变剪切和定位等。长链非编码RNA及微小RNA等非编码RNA也存在m6A位点。m6A修饰有m6A甲基转移酶、m6A脱甲基化酶和m6A特异性结合蛋白三种调节方式。甲基转移酶包括甲基转移酶样3/14(methyltransferase like 3/14,METTL3/14)、甲基转移酶复合物Wilms肿瘤蛋1相关蛋白(Wilms tumor 1-associating protein,WTAP)。METTL3 是催化亚单位,METTL14是促进RNA结合的必要成分。

 

脱甲基酶由AlkB同源蛋白5(AlkB homolog 5,ALKBH5)和脂肪含量和肥胖相关蛋白(fat mass and obesityassociated proteins,FTO)组成。m6A 特异性结合蛋白包括YTH 结构域m6ARNA 结合蛋白(YTH N6-methyladenosine RNA binding protein,YTHDF)1-3、YTH 结构域包含蛋白(YTH domain containing,YTHDC)1-2。不同的修饰方式在胶质瘤发生、发展过程中起到的作用不同,就连同一种修饰方式不同的催化酶或结合蛋白起到的作用也不一样。m6A修饰可能在胶质瘤中起到双重作用,但具体作用过程不清楚。因此,理解m6A修饰对于胶质瘤的发病机制、治疗和预后具有重要意义。

 

2. m6A 修饰与胶质瘤细胞增殖、迁移、侵袭

 

2.1 m6A 甲基化酶与胶质瘤细胞增殖、迁移、侵袭

 

METTL3可以通过多种途径促进胶质瘤细胞增殖、迁移、侵袭,其中最主要是通过NF-κB途径,在异柠檬酸脱氢酶(isocitrate dehydrogenase,IDH)突变型胶质瘤中,METTL3与促进胶质瘤增殖和侵袭关系不大,但是在IDH野生型胶质瘤中,METTL3在HuR的帮助下通过m6A修饰增强MALAT1的稳定性,从而上调MALAT1的表达,导致NF-κB激活,活化的NF-κB通过上调CD44、波形蛋白和N-钙粘蛋白的表达来介导STAT3、CEBPB和TAZ的激活,从而促进胶质瘤的侵袭、血管生成和治疗抵抗。并且,在NF-κB和MALAT1之间存在一个受METTL3上游调节的调节网络,详细的调节机制目前尚不明确,需要进一步通过研究去发现。

 

神经胶质瘤干细胞(glioma stem cells,GSCs)可以分化为胶质瘤细胞,同时胶质瘤细胞可以去分化形成GSCs,两种细胞在胶质瘤内达到动态平衡,GSCs具有自我更新、快速增殖和分化能力,导致胶质瘤细胞增殖、复发和放疗抗性。METTL3能够调节GSCs特性,导致胶质瘤细胞抗损伤能力增加。VPS25是ESCRT的一个亚基,ESCRT系统包含五个复合物,称为ESCRT-0、Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ,以及一系列辅助蛋白,ESCRT-Ⅱ复合物包含VPS25、VPS22和VPS36亚基。

 

VPS25的m6A结构域与METTL3或METTL14导致VPS25在胶质瘤细胞中的数量增加,通过直接介导p21、CDK2和cyclin-E的表达,导致胶质瘤细胞增殖,说明VPS25过表达的胶质瘤病人生存期缩短或病死率增加。可是,Tao等发现胶质母细胞瘤在上皮间质转化及血管生成拟态过程中,细胞中的m6A水平显著下降,下调METTL3可通过影响胶质母细胞瘤细胞MMP2、CDH1、CDH2和FN1的水平,导致胶质母细胞瘤侵袭能力增强。METTL3综合作用主要还是表现在促进胶质瘤发展。另外两种甲基化酶METTL14和WTAP,目前研究不是很多,未来可以集中研究这两个酶,有可能发现更多的m6A甲基化酶。

 

2.2 m6A 脱甲基酶与胶质瘤细胞增殖、迁移、侵袭

 

FTO主要参与肥胖调节的相关过程,是一种m6A脱甲基酶。在胶质瘤中,FTO与AGO1和ILF3与miR-145 和CLIP3 mRNA 形成FTO/AGO1/ILF3/miR-145复合物,AGO1和ILF3有可能稳定RRACH基序上的miRNA-mRNA复合物并募集FTO,使m6A转录物去甲基化,然后更有效地翻译,从而使胶质瘤病人预后更差。

 

Zhang等通过临床标本研究发现FTO表达下调与胶质瘤病理级别增加和预后较差呈正相关,机制可能是FTO通过调节初级pri-miR-10a的m6A修饰,然后被HNRNPA2B1识别,招募microRNA 微处理器复合蛋白DGCR8,并介导pri-miR-10a 加工。此外,FTO的转录活性受转录因子SPI1的抑制,可被SPI1抑制剂DB2313特异性破坏。目前,FTO的作用还有待进一步研究。

 

ALKBH5过表达促进胶质瘤母细胞瘤迁移、侵袭。Tao等发现上调ALKBH5导致m6As水平显著下降,影响胶质母细胞瘤细胞MMP2、CDH1、CDH2和FN1的表达,促进肿瘤细胞增殖。ALKBH5 还可导致巨噬细胞M2极化,引起胶质瘤恶性程度增加。除此之外,m6A去甲基化酶ALKBH5还能够通过FOXM1新生转录本去甲基化,增强转录因子FOXM1的表达,促进GSCs的维持、增殖和致瘤性。

 

2.3 m6A特异性结合蛋白与胶质瘤细胞增殖、迁移、侵袭

 

YTHDF2主要通过NF-κB途径促进胶质瘤发生、发展,通过识别METTL3介导的m6A修饰加速胶质瘤UBX结构域蛋白1 mRNA降解,导致NF-κB激活,促进胶质瘤细胞侵袭、血管生成和治疗抵抗。YTHDF2还能够调节GSCs的特性,增加胶质瘤细胞抗损伤能力。

 

此外,有研究报道YTHDF2蛋白通过YTHDF2与EGFR/SRC/ERK信号结合,导致磷酸化,使含有m6A结构域的LXRAα和HIVEP2 mRNA数量减少,降低胶质母细胞瘤胆固醇的稳态,导致胆固醇水平增加,促进胶质瘤细胞侵袭。YTHDF1不仅能够通过影响GSCs特性而且还能通过MSI1导致胶质瘤细胞增殖速度加快以及迁移能力增加;MSI1和YTHDF1表达上调与胶质瘤病人的生存率降低有关。

 

3. m6A 修饰与胶质瘤治疗

 

3.1 作为治疗靶点

 

根据m6A修饰的三种调节方式在胶质瘤中起到的作用,这个过程中任何一个环节都有可能成为胶质瘤治疗靶点。Zhang等通过癌症基因组数据分析以及体外细胞试验发现FTO的转录活性受到转录因子SPI1的抑制,这可能会被SPI1抑制剂DB2313特异性破坏,用这种抑制剂治疗可恢复内源性FTO表达并降低胶质母细胞瘤的肿瘤负荷,提示FTO可作为胶质母细胞瘤的治疗靶点。

 

YTHDC1通过下调VPS25表达影响胶质瘤细胞增殖,可以为胶质瘤治疗提供一个靶点。METTL3可以通过调节其直接靶点NOTCH3、DLL3和HES1来激活Notch通路并促进胶质瘤的发生,并且Notch通路基因可能作为胶质瘤的潜在治疗靶点。另外,JMJD1C 在体内和体外均通过miR- 302a/METTL3/SOCS2轴使miR-302a上调,miR-302结合METTL3中的3'UTR,导致SOCS2甲基化,促进M1巨噬细胞极化,抑制胶质瘤生长。这提示SOCS2可能是一个靶向治疗点。

 

3.2 增加放疗敏感性

 

由于GSCs 具有自我更新能力,导致胶质瘤容易复发和放疗抵抗,通过m6A修饰破坏GSCs的特性,可以增加胶质瘤的放疗敏感性。ALKBH5通过调节同源重组和加快DNA损伤后修复增加放疗抵抗,表明ALKBH5是一个有吸引力的治疗靶点,可以克服GSCs的放疗抗性和侵袭性。降低GSCs优先使用的同源重组来抑制ALKBH5可能是一种使GSC放疗增敏的新方法。

 

3.3 替莫唑胺(temozolomide,TMZ)耐药

 

胶质瘤治疗中的一个难点就是TMZ耐药,目前关于TMZ耐药机制的研究很多,但其具体机制仍不明确。Li等进行ATAC-seq、ChIP-qPCR和双荧光素酶报告基因分析以及细胞试验,发现TMZ抗性胶质母细胞中METTL3过表达,形成m6A甲基转移酶复合物,提高TMZ抗性胶质母细胞的m6A水平,然后通过SOX4/EZH2/METTL3轴导致胶质瘤细胞耐药,METTL3和SOX4是一个正反馈调节过程,靶向SOX4和EZH2可以降低胶质瘤细胞耐药性。

 

另外,Li等发现JPX通过促进胶质母细胞TMZ抗性增加,靶向JPX可以降低胶质母细胞瘤细胞TMZ抗性。Xiao等发现FTO还可以通过MYC-miRNA-MXI1途径增加胶质母细胞瘤耐药性,而甲氯芬那酸的乙酯形式可以抑制FTO,降低胶质母细胞瘤对TMZ耐药性。

 

3.4 治疗监测

 

m6A修饰除了在胶质瘤治疗方面作用外,还可以用于在细胞或基于基因的治疗监测。Radoul等报道一种新的嵌合磁铁蛋白报告基因:铁蛋白-M6A。铁蛋白作为潜在报告基因,可以在MRI中显示,但是检测天然铁蛋白的弛豫度和灵敏度相对较低。电镜结果表明胶质瘤C6细胞表达的铁蛋白-M6A在笼状时通过铁吸收增加显示r2松弛性增强。表达铁蛋白-M6A 的肿瘤异种移植物的MRI研究显示,在肿瘤的中央缺氧区域,R2弛豫率增加。这种增强的松弛性将增加铁蛋白作为报告基因的敏感性,用于在细胞或基于基因的治疗中对细胞递送和分化的非侵入性体内MRI监测。

 

4. m6A 修饰与胶质瘤预后

 

4.1 m6A调节因子

 

m6A调节因子对胶质瘤发病起到的作用不同,对胶质瘤预后分析也不一样。胶质母细胞瘤预后大多较差,对于低级别胶质瘤病人预后的预测显得更有临床价值。研究显示m6A调节因子在低级别胶质瘤病人预后评估中占有重要的作用。Guan等在肿瘤数据库中选取了8个m6A调节因子,从中选取了2个调节因子作为胶质瘤预后的分子标志物,包括IGF2BP2 和IGF2BP3,其中IGF2BP2和IGF2BP3表达上调,胶质瘤病人的预后越差。

 

Zheng等发现36个与低级别胶质瘤预后相关的m6A调节因子,但是在不同类型的胶质瘤中差异性表达也不一样。Chai等利用肿瘤相关数据库分析确定7个m6A-RNA调节因子,并且明确这7个调节因子与胶质瘤预后的关系,可以作为胶质瘤预后的独立预测因素。神经调节蛋白家族蛋白主要参与m6A RNA 修饰,能够调节GSCs特性,也能够独立预测低级别胶质瘤预后。这些研究表明m6A调节因子可以作为胶质瘤预后的预测指标,有些调节因子与胶质瘤预后的关系已经明确,但是大部分的调节因子尚不明确,有待进一步研究。

 

4.2 m6A相关基因

 

Bai等通过分析172例肿瘤基因数据,鉴定了具有预后意义的5个m6A调控基因,包括HNRNPC,IGF2BP2,IGF2BP3,LRPPRC 和YTHDF2。这些调控基因可以将低级别胶质瘤分为高风险和低风险组,对于预测低级别胶质瘤预后有良好价值,并且可以预测免疫疗法疗效。

 

4.3 m6A相关lncRNA

 

Chen等从肿瘤数据库中筛选566个与m6A相关的胶质瘤中的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),利用RT-PCR技术确定4 个m6A 相关lncRNA(CRNDE、LINC00641、LNCTAM34a和CARD8-AS1),通过体外实验研究表明CRNDE、LNCTAM34a 是胶质瘤的危险因素,LINC00641导致胶质瘤生长缓慢甚至停滞,CARD8-AS1目前尚不明确;通过检测m6A相关lncRNA可以初步了解胶质瘤的级别,可以有效的预测肿瘤预后。另外,Nguyen 等运用WGCNA、iWGCNA 和oCEM 三个共表达工具,发现13 个m6A 相关lncRNA,其中ELOA-AS1、HOXB-AS1 和FLG-AS1。

 

FLG-AS1 的较低表达和ELOA-AS1 和HOXB-AS1的较高表达与较短的生存期显著相关。这提示检测低级别胶质瘤相关m6A相关lncRNA可以早期识别低级别胶质瘤并且预测预后。

 

5. 总结与展望

 

m6A修饰在鼻咽癌、肺癌、白血病中的研究较多,而且机制已经比较明确。研究表明,m6A修饰在胶质瘤形成过程中也起到一定作用,有些修饰方式已经明确可以导致胶质瘤细胞增殖、侵袭能力增强,如METTL3、ALKBH5;而有的修饰方式作用不明确,需要进一步研究。目前,关于m6A修饰如何精确调控上游基因表达、靶向m6A修饰过程药物以及药物如何通过血脑屏障的研究很少。只有充分了解m6A修饰在胶质瘤中的作用机制,才能为胶质瘤的治疗及临床预后提供新的见解。

 

来源:孙杰,胡涛.m6A修饰在胶质瘤中作用的研究进展[J].中国临床神经外科杂志,2024,29(05):304-307+312.


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