在科研方面，她构建了“早期诊断—靶向治疗—长期管理”全链条研究体系，主持国家自然科学基金重大研究计划、973计划等国家级项目40余项，在NEJM、BMJ、Lancet、ARD等国际顶刊发表SCI论文200余篇。她牵头完成国产仿制药与原研药临床等效性研究，为国家集采政策提供关键证据；首次揭示中国结缔组织病相关肺动脉高压的独特模式，被国际学界称为“Beijing Style”；率先探索风湿病“去激素化”治疗策略，推动疾病管理向更安全、更精准迈进。

在她带领下，科室从三人小团队发展成为国家临床重点专科，2019年获批国家皮肤与免疫疾病临床医学研究中心，2025年获批北京市重点实验室，在复旦中国医院专科排行榜、中国医科院科技影响力排行榜中稳居前十，成为我国风湿免疫学科发展的标杆。

张卓莉视学生如子女，不仅在学术上悉心指导，更在成长中全程护航。她曾为一名因家庭变故欲放弃学业的学生租房、找保姆、联系幼儿园，助其渡过人生低谷；设立“北大优青仟柏基金”，奖励投身科研的青年医生。她建立科研例会制度，常利用休息时间与学生讨论课题。她的学生中，多人获国家奖学金、北京大学十大年度人物等荣誉，并在风湿领域崭露头角。

她倡导“做一名优秀风湿科医生的ABCD原则”——热爱医学、充满信心、从不抱怨、全情投入，并以身作则，带动科室形成严谨、互助、向上的文化氛围。

张卓莉不仅以科技创新推动学科进步，更以人文关怀温暖患者心灵。她先后荣获“中华医学科技一等奖”“北京医学科技一等奖”“华夏医学科技奖”等重要荣誉，但她最珍视的仍是“患者心中的好大夫”“北京大学优秀教师”这些来自患者和学生的真挚认可。